Prospección de péptidos antimicrobianos novedosos mediante Next generation RNA sequencing para el desarrollo de nuevos agentes terapéuticos

Desde el descubrimiento de los péptidos antimicrobianos (AMPs- antimicrobial peptides) como moléculas de defensa, se ha propuesto su uso en agricultura y en el desarrollo de fármacos. Las plantas son importantes fuentes de AMPs (defensinas, tioninas, esnaquinas, ciclótidos, entre otros), jugando un rol importante en la defensa contra una amplia variedad de patógenos incluyendo bacterias, hongos, virus, protozoarios, además de insectos. Este tipo de péptidos contiene frecuentemente un número par de residuos de cisteína conservados, que estabilizan la estructura proteica a través de la formación de puentes disulfuro. A pesar de su tamaño pequeño, los AMPs muestran una alta variabilidad en sitios no conservados y tasas de sustitución de aminoácidos consistentes con la hipótesis de presiones evolutivas o coevolutivas durante la interacción huésped/patógeno. Varios péptidos antimicrobianos han sido aislados, siendo el método de búsqueda más utilizado el aislamiento directo de fuentes naturales. En los últimos años se ha incorporado una nueva estrategia de investigación: la identificación y aislamiento de los genes que codifican estos péptidos. Mediante este abordaje han sido aislados genes de AMPs de plantas cultivadas y especies modelo, especialmente debido a la mayor disponibilidad de datos moleculares y genomas secuenciados. El surgimiento de las nuevas tecnologías de secuenciado masivo y su actual accesibilidad abre nuevas puertas para encontrar genes que codifiquen péptidos novedosos en los transcriptomas de especies nativas, donde este tipo de moléculas ha sido poco explorado, a pesar de que la diversidad genética es más abundante. Este trabajo propone buscar secuencias putativas de genes que codifiquen AMPs de plantas de la flora nativa de nuestro país. Mediante RNA-seq se analizará el transcriptoma de tejidos vegetales cuyos extractos proteicos hayan presentado actividad antimicrobiana. Aquellas secuencias peptídicas que no hayan sido reportadas previamente, serán producidos de forma heteróloga a mediante síntesis, para evaluar su potencial como agentes antimicrobianos. Esto permitirá seleccionar candidato(s) para un futuro desarrollo de agentes terapéuticos innovadores.