DESARROLLO DE METODOLOGÍAS DE SECUENCIACIÓN MASIVA APLICADAS AL DIAGNÓSTICO Y CARACTERIZACIÓN DE PATÓGENOS EN LA AVICULTURA INDUSTRIAL

El aspecto sanitario es esencial para la industria avícola ya que incide sobre los parámetros productivos y puede convertirse en fundamento de restricciones comerciales en el mercado internacional. La cría intensiva de aves en altas densidades favorece la emergencia y expansión de diferentes patógenos, particularmente virales, que afectan la avicultura. El control de los patógenos constituye uno de los desafíos más importante para esta industria por su impacto sanitario y económico. Se requieren mejoras continuas en las metodologías de identificación y caracterización/tipificación de los microorganismos involucrados que permitan diseñar planes de control adecuados a la realidad local y mantener informados a los organismos nacionales e internacionales del estatus sanitario avícola del país. El objetivo del presente proyecto es desarrollar y estandarizar metodologías de diagnóstico y caracterización viral utilizando metodologías de secuenciación masiva de última generación (deep sequencing o NGS). Estas metodologías permiten la identificación y caracterización simultánea de un gran número de patógenos mediante la obtención de múltiples secuencias de sus genomas. El proyecto se centrará en el diagnóstico y caracterización de virus aviares asociados a problemas respiratorios (Bronquitis, Influenza, Laringotraqueitis, Metapneumovirus y Newcastle) e inmunodepresivos (Anemia infecciosa, Gumboro y Marek). Para la estandarización de las metodologías se utilizarán muestras de campo de pollos de engorde y de gallinas ponedoras que han sido previamente diagnosticadas como positivas para algunos de los virus analizados. Como controles positivos de aquellos virus no detectados en el país se utilizarán cepas vacunales. La secuenciación masiva para el diagnóstico y caracterización simultánea se realizará utilizando una técnica de ultra-plex RT-PCR (realización de amplificaciones simultáneas múltiples) acoplada a un protocolo de secuenciación masiva en una plataforma Ion Torrent. Las secuencias obtenidas serán ensambladas y contrastadas con las obtenidas por secuenciación capilar tradicional para comparar ambas metodologías de diagnóstico y caracterización. Este proyecto permitirá comenzar con el desarrollo e innovación en la aplicación de nuevas métodos de diagnóstico y caracterización de patógenos. La experiencia adquirida podrá aplicarse a otros patógenos, colaborando en el desarrollo tecnológico del país y en el incremento del conocimiento de los microorganismos que afectan la salud animal.